在中醫(yī)學哲學基礎理論體系中，陰陽學說被用來闡釋人體的組織結構、生理功能及病理變化，并用于指導疾病的診斷和治療。

（一）說明人體的組織結構

人體是一個有機整體，人體內(nèi)部充滿著陰陽對立統(tǒng)一的關系。中醫(yī)學根據(jù)陰陽學說來“解剖”人體結構，執(zhí)簡馭繁，簡單實用。從人體部位來說，上部為陽，下部為陰；體表為陽，體內(nèi)為陰；背屬陽，腹屬陰；四肢外側為陽，四肢內(nèi)側為陰。以臟腑來分，五臟（心、肝、脾、肺、腎）屬陰，因其功能以靜為主；六腑（膽、胃、小腸、大腸、膀胱、三焦）屬陽，因其功能以動為主。五臟之中又可根據(jù)其位置分為陽臟（心、肺）和陰臟（肝、脾、腎），每一臟腑之中又可將其功能歸為陽，而其物質(zhì)歸為陰。此外，經(jīng)絡亦可分為陽經(jīng)、陰經(jīng)等等。

（二）概括人體的生理功能

中醫(yī)學認為人體的正常生命活動是陰陽兩個方面保持著對立統(tǒng)一的協(xié)調(diào)關系的結果。所謂健康就是陰陽平衡狀態(tài)。人體的物質(zhì)基礎屬陰，而生理功能活動屬陽，二者互相依存。生理活動以物質(zhì)為基礎，而生理活動的結果又不斷促進物質(zhì)的新陳代謝。如果人體的陰陽不能相互依存，相互為用，人的生命就會中止。

（三）闡釋人的病理變化

陰陽學說還被中醫(yī)學用來說明人體的病理變化，認為疾病的發(fā)生，是人體陰陽失衡所致。陰陽失調(diào)的表現(xiàn)形式很多，可歸納為陰或陽的偏盛偏衰，以及對另一方的累及等，這些可統(tǒng)稱為“陰陽不和”。許多情況下，疾病發(fā)生、發(fā)展的過程，就是正邪抗爭，各有勝負的過程。這一過程可以用陰陽偏勝、陰陽偏衰、陰陽互損、陰陽轉化作概括性的解釋。

陰陽偏勝包括陰偏勝和陽偏勝，是指在邪氣作用下（或本身機能病理性亢奮）所致的陰或陽的任何一方高于正常水平的病變，《素問·陰陽應象大論》說：“陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒”。

陰陽偏衰包括陰偏衰（陰虛）和陽偏衰（陽虛），指陰或陽低于正常水平的病理變化?！端貑?middot;調(diào)經(jīng)論》指出：“陽虛則外寒，陰虛則內(nèi)熱”。由于陽虛，不能制約陰寒，可出現(xiàn)虛寒征象，即陽消陰長，“陽虛則寒”；陰虛，無力制約陽，可出現(xiàn)虛熱征象，即陰消陽長，“陰虛則熱”。

陰陽互損指體內(nèi)的正氣，特別是陰液與陽氣之間的病理關系，包括陰損及陽和陽損及陰。陰陽互損體現(xiàn)了陰陽互根互用的關系。陰陽互損的最終表現(xiàn)為“陰陽俱損”、“陰陽兩虛”。

陰陽轉化指陰陽失調(diào)所表現(xiàn)出的病理現(xiàn)象，在一定的條件下可以相互轉化，《素問·陰陽應象大論》中的“重寒則熱，重熱則寒”、“重陰必陽，重陽必陰”就是說明這類病理情況。

（四）指導疾病的診斷和治療

由于中醫(yī)認為疾病發(fā)生發(fā)展的原因是陰陽失調(diào)，所以對于任何疾病，無論其病情如何復雜多變，都可以用陰陽學說加以診斷。中醫(yī)診斷疾病首先要分清陰陽，既可以用陰陽來概括證型，又可以用陰陽來分析四診。如望診色澤鮮明者屬陽，晦暗者屬陰；聞診聲音洪亮者屬陽，語聲低微者屬陰；脈象浮、數(shù)、洪大者屬陽，沉、遲、細小者屬陰等等。從證型來看，病位在表屬陽，實證屬陽，熱證屬陽；而病位在里屬陰，虛證屬陰，寒證屬陰等。

在決定治療原則和臨床用藥時，中醫(yī)學也是以陰陽學說作為指導的。如對于陽邪過盛所致的實熱證，以熱者寒之的原則用寒涼藥物清熱；對于陰盛所致的寒實證，則應以寒者熱之的原則用溫熱藥來祛寒。而對于陰虛所致的虛熱證，要以滋陰藥以補虛；對于陽虛引起的虛寒證，則要以溫陽藥以補陽。在陰陽兩虛的情況下，就必須陰陽兩補，如氣血雙補。六味地黃丸之山茱萸之“陽中求陰”就是根據(jù)陰陽互根互用原理制定的。

陰陽學說還可用來概括中藥的性味，并用以指導臨床使用。一般來說，寒、涼藥屬陰，溫、熱藥屬陽；味酸、苦、咸者屬陰，味辛、甘、淡者屬陽；具有收斂、沉降作用者屬陰，而具發(fā)散、升浮作用者屬陽。在臨床用藥時，應當根據(jù)疾病的陰陽性質(zhì)決定治療原則，再根據(jù)藥物的陰陽屬性來決定用藥。