中、西醫(yī)學(xué)的起源大致相同。主要包括：①救護、求食的本能行為。如動物受傷會舐其傷口、遇熱會避入水中，人與動物一樣有著本能救護。人類的求食本能在尋找食物時，逐漸發(fā)現(xiàn)了蔥、姜、蒜、粳米、薏米等雖為食物或調(diào)味品，卻具有治病作用；②生活經(jīng)驗創(chuàng)造了醫(yī)學(xué)。先古人類通過勞動制造出利器，從而產(chǎn)生了砭石、骨針等醫(yī)療器具，逐漸掌握了運用工具治療疾病的經(jīng)驗。與此同時，人們發(fā)現(xiàn)活動肢體可以舒筋活絡(luò)，強身健體，“導(dǎo)引術(shù)”、“五禽戲”的形成，也是古代人們積累生活經(jīng)驗后產(chǎn)生的保健養(yǎng)生觀；③醫(yī)、巫的合與分。由于原始人受制于智力尚未開化，對自然界的變化以及宇宙間的一切反常現(xiàn)象，心存恐懼，難以做科學(xué)、合理的解釋，因而誤以為有超自然的力量主宰其中。故巫、醫(yī)合流曾是中、西醫(yī)學(xué)共有的一段歷史。在中醫(yī)學(xué)的歷史進程中，“祝由”術(shù)沿襲數(shù)千年，屬于元明臨床“十三”科之一，但以醫(yī)學(xué)為目的的解剖可追溯到公元11年（西漢王莽新朝三年），是中國古老的實證醫(yī)學(xué)萌芽。由于儒、釋、道三教合流所形成的中國文化格局，“重道輕器”衍生出的務(wù)虛傾向，重體悟而疏實證，必然缺少邏輯推理，致使中國的實證醫(yī)學(xué)成就在日后難以與西方醫(yī)學(xué)同日而語。古埃及醫(yī)師運用念咒、畫符和草藥治病，前二者就是巫醫(yī)。西醫(yī)在古希臘時期就開始醫(yī)巫分家，亞里士多德曾詳細描述了動物的內(nèi)臟和器官，古希臘醫(yī)學(xué)最高成就的代表人物希波克拉底將唯物主義哲學(xué)運用于醫(yī)學(xué)之中，在《論圣病》中說：“被人們稱為‘神圣的’疾?。ㄖ赴d癇和一些精神患者），在我看來一點也不比其他病癥更神、更圣，與其他任何疾病一樣起源于自然的原因。只因這些病癥狀奇異，而人們對它們又一無所知，充滿疑惑，故而將其原因和性質(zhì)歸之于神靈。”亞里士多德所創(chuàng)立的唯物主義醫(yī)學(xué)體系，加快了醫(yī)學(xué)科學(xué)化的進程；④軸心時代中、西醫(yī)學(xué)的峰巔之作。雅斯貝而斯曾說：“如果歷史有一個軸心，那么我們就必須將這軸心作為一系列對全部人類都有意義的事件，……發(fā)生于公元前800至200年間的這種精神歷程似乎構(gòu)成了這樣一個軸心。……非凡的事件都集中發(fā)生在這個時期。……并且是獨立地發(fā)生在中國、印度和西方”。這一階段，是東、西方哲學(xué)、科學(xué)、文化發(fā)展的重要時期。此時諸子蜂起，儒家、墨家、道家、法家學(xué)派林立，形成了空前絕后的學(xué)術(shù)繁榮局面，對中華文化的發(fā)展起了奠基作用；處在古典希臘文明的開創(chuàng)時期，出現(xiàn)了德謨克利特、費底亞斯、阿基米德、蘇格拉底等哲人和智者。在東、西方科學(xué)和文化昌明的大背景下，《黃帝內(nèi)經(jīng)》和《希波克拉底全集》代表著中、西兩座醫(yī)學(xué)的峰巔之作便自然而然的誕生了?！秲?nèi)經(jīng)》的問世，標(biāo)志著中醫(yī)學(xué)已從簡單的臨床經(jīng)驗積累，升華到系統(tǒng)的理論總結(jié)。關(guān)于《希波克拉底全集》，意大利著名醫(yī)史學(xué)家卡斯蒂格略尼認(rèn)為：“是自然科學(xué)幾乎沒有萌芽的時代，在醫(yī)術(shù)上具有先進性的最寶貴的代表文獻。希波克拉底學(xué)派的醫(yī)學(xué)雖然在解剖學(xué)、生理學(xué)、病理學(xué)的知識上有缺陷，雖然只是很少而粗略地研究過動物，但是它主要是建立在臨床實驗和哲學(xué)推理的基礎(chǔ)上，終能使醫(yī)學(xué)提高到難以超過的高度。這是歷史上最有意義的現(xiàn)象之一，并可能是最重要的，因為它說明通過經(jīng)驗，實際觀察和正確的推理，可以得到極有價值的寶貴材料，……他的確解決了醫(yī)學(xué)歷史上具有決定性傾向的開端。”比較《黃帝內(nèi)經(jīng)》和《希波克拉底全集》，二者的理論建構(gòu)有諸多相似之處：廢巫存醫(yī)、整體觀念、調(diào)節(jié)平衡、哲學(xué)思辯、臨床實踐。其中《黃帝內(nèi)經(jīng)》強調(diào)以五臟為中心的整體觀，從外測內(nèi)，可以不依賴解剖形態(tài)學(xué)而照樣診治疾病。其理論體系是自洽的，難以突破；《希波克拉底全集》雖然沒有系統(tǒng)的解剖學(xué)和生理學(xué)等基礎(chǔ)知識，但卻強調(diào)具體的解剖結(jié)構(gòu)，為醫(yī)學(xué)的實證開了先河。這些差異為中、西醫(yī)學(xué)的日后分向而行埋下了伏筆。