在同種移植中，即使外科手術十分成功，沒有任何失誤，移植物也會因排斥反應（rejection）而不能長期存活，這是長久困擾人們的一個大問題。1944年Medawar等人以周密的實驗證明了移植排斥反應是宿主和移植物之間產(chǎn)生的免疫應答；以后相繼發(fā)現(xiàn)了多種與排斥反應相關的抗原，稱為組織相容性抗原或移植抗原。在同種異體移植時，決定組織相容性的同種抗原種類很多，其中起主要作用的稱為主要組織相容性抗原；在小鼠為H-2，在人類為HLA.

HLA分子分3類，其中MHCⅠ類和Ⅱ類分子與移植免疫的關系較為密切；目前認為HLA-DR位點的抗原對移植最為重要，其次為HLA-A、HLA-B、HLA-DQ和HLA-DP，HLA-C在移植免疫過程中沒有明顯作用。HLA復雜的排列組合是一個非常龐大的數(shù)字，使得正常人群中除同卵雙胞胎以外很難找到HLA基因完全相同者；只要供者與受者之間的HLA抗原有所不同，就會出現(xiàn)程度不等的排斥反應，為臨床移植工作帶來困難，本章所涉及的組織配型、排斥反應和免疫抑制等多是針對HLA及其誘導的免疫排斥。

ABO血型系統(tǒng)也是主要組織相容性抗原。ABO系統(tǒng)的抗原不僅存在于紅細胞，亦存在于血管內(nèi)皮及其它組織細胞表面，當供者與受者的ABO血型不符時，移植物的血循環(huán)重建后會即刻導致嚴重的排斥反應而使移植失敗。但是ABO血型只有4種主要類型，容易檢測也容易配型。