（一）土壤中的細(xì)菌

土壤中含有大量的微生物，土壤中的細(xì)菌來自天然生活在土壤中的自養(yǎng)菌和腐物寄生菌以及隨動物排泄物及其尸體進(jìn)入土壤的細(xì)菌。它們大部分在離地面10～20厘米深的土壤處存在。土層越深，菌數(shù)越少，暴露于土層表面的細(xì)菌由于日光照射和干燥，不利于其生存，所以細(xì)菌數(shù)量少。

土壤中的微生物以細(xì)菌為主，放線菌次之，另外還有真菌、螺旋體等。土壤中微生物絕大多數(shù)對人是有益的，它們參與大自然的物質(zhì)循環(huán)，分解動物的尸體和排泄物；固定大氣中的氮，供給植物利用；土壤中可分離出許多能產(chǎn)生抗生素的微生物。進(jìn)入土壤中的病原微生物容易死亡，但是一些能形成芽胞的細(xì)菌如破傷風(fēng)桿菌、氣性壞疽病原菌、肉毒桿菌、炭疽桿菌等可在土壤中存活多年。因此土壤與創(chuàng)傷及戰(zhàn)傷的厭氧性感染有很大關(guān)系。

（二）水中的細(xì)菌

水也是微生物存在的天然環(huán)境，水中的細(xì)菌來自土壤、塵埃、污水、人畜排泄物及垃圾等。水中微生物種類及數(shù)量因水源不同而異。一般地面水比地下水含菌數(shù)量多，并易被病原菌污染。在自然界中，水源雖不斷受到污染，但也經(jīng)常地進(jìn)行著自凈作用。日光及紫外線可使表面水中的細(xì)菌死亡，水中原生生物可以吞噬細(xì)菌，藻類和噬菌體能抑制一些細(xì)菌生長；另外水中的微生物常隨一些顆粒下沉于水底污泥中，使水中的細(xì)菌大為減少。

水中的病菌如傷寒桿菌、痢疾桿菌、霍亂弧菌、鉤端螺旋體等主要來自人和動物的糞便及污染物。因此，糞便管理在控制和消滅消化道傳染病有重要意義。但直接檢查水中的病原菌是比較困難的，常用測定細(xì)菌總數(shù)和大腸桿菌菌群數(shù)，來判斷水的污染程度，目前我國規(guī)定生活飲用水的標(biāo)準(zhǔn)為1m1水中細(xì)菌總數(shù)不超過100個；每1升水中大腸菌群數(shù)不超過3個。超過此數(shù)，表示水源可能受糞便等污染嚴(yán)重，水中可能有病原菌存在。

（三）空氣中的細(xì)菌

空氣中的微生物分布的種類和數(shù)量因環(huán)境不同有所差別?？諝庵械奈⑸飦碓从谌诵蠛粑赖娘w沫及地面飄揚(yáng)起來的塵埃。由于空氣中缺乏營養(yǎng)物及適當(dāng)?shù)臏囟?，?xì)菌不能繁殖，且常因陽光照射和干燥作用而被消滅。只有抵抗力較強(qiáng)的細(xì)菌和真菌或細(xì)菌芽胞才能存留較長時間。室外空氣中常見產(chǎn)芽胞桿菌、產(chǎn)色素細(xì)菌及真菌孢子等；室內(nèi)空氣中的微生物比室外多，尤其是人口密集的公共場所、醫(yī)院病房、門診等處，容易受到帶菌者和病人污染。如飛沫、皮屑、痰液、膿汗和糞便等攜帶大量的微生物，可嚴(yán)重污染空氣。某些醫(yī)療操作也會液成空氣污染，如高速牙鉆修補(bǔ)或超聲波清潔牙石時，可產(chǎn)生微生物氣溶膠；穿衣、鋪床時使織物表面微生物飛揚(yáng)到空氣中，清掃及人員走動塵土飛場也是醫(yī)院空氣中微生物的來源。室內(nèi)空氣中常見的病原菌有腦膜炎奈瑟氏菌、結(jié)核桿菌、溶血性球菌、白喉?xiàng)U菌、百日咳桿菌等。空氣中微生物污染程度與醫(yī)院感染率有一定的關(guān)系?？諝饧?xì)菌衛(wèi)生檢查有時用甲型溶血性鏈球菌作為指示菌，表明空氣受到人上呼吸道分泌物中微生物的污染程度。