原始轉錄產(chǎn)物的合成

啟動

RNA聚合酶正確識別DNA模板上的啟動子并形成由酶、DNA和核苷三磷酸（NTP）構成的三元起始復合物，轉錄即自此開始。DNA模板上的啟動區(qū)域常含有TATAATG順序，稱普里布諾（Pribnow）盒或P盒。復合物中的核苷三磷酸一般為GTP，少數(shù)為ATP，因而原始轉錄產(chǎn)物的5′端通常為三磷酸鳥苷（pppG）或腺苷三磷酸（pppA）。真核DNA上的轉錄啟動區(qū)域也有類似原核DNA的啟動區(qū)結構，和在-30bp（即在酶和DNA結合點的上游30核苷酸處，常以—30表示，bp為堿基對的簡寫）附近也含有TATA結構，稱霍格內斯(Hogness)盒或 TATA盒。第一個核苷三磷酸與第二個核苷三磷酸縮合生成3′-5′磷酸二酯鍵后，則啟動階段結束，進入延伸階段。

延伸

σ亞基脫離酶分子，留下的核心酶與DNA的結合變松，因而較容易繼續(xù)往前移動。核心酶無模板專一性，能轉錄模板上的任何順序，包括在轉錄后加工時待切除的居間順序。脫離核心酶的σ亞基還可與另外的核心酶結合，參與另一轉錄過程。隨著轉錄不斷延伸，DNA雙鏈順次地被打開，并接受新來的堿基配對，合成新的磷酸二酯鍵后，核心酶向前移去，已使用過的模板重新關閉起來，恢復原來的雙鏈結構。一般合成的RNA鏈對DNA模板具有高度的忠實性。RNA合成的速度，原核為25～50個核苷酸／秒，真核為45～100個核苷酸／秒。

終止

轉錄的終止包括停止延伸及釋放RNA聚合酶和合成的RNA。在原核生物基因或操縱子的末端通常有一段終止序列即終止子；RNA合成就在這里終止。原核細胞轉錄終止需要一種終止因子ρ（四個亞基構成的蛋白質）的幫助。真核生物DNA上也可能有轉錄終止的信號。已知真核DNA轉錄單元的3′端均含富有AT的序列〔如AATAA(A)或ATTAA(A)等〕，在相隔0～30bp之后又出現(xiàn)TTTT順序（通常是3～5個T），這些結構可能與轉錄終止或者與3′端添加多聚A順序有關。