環(huán)境自凈指受污染環(huán)境在物理、化學(xué)或生物因素作用下，使污染物濃度或總量降低的過(guò)程。降低的速度和數(shù)量因環(huán)境結(jié)構(gòu)和狀態(tài)的不同而有所差異。環(huán)境自凈是運(yùn)用環(huán)境因素自身的力量（物理凈化、化學(xué)凈化、生物凈化）消除環(huán)境污染物，凈化環(huán)境的重要途徑。

物理凈化包括稀釋、混合、湍流、擴(kuò)散、凝聚、沉降、揮發(fā)、逸散。物理凈化能力的強(qiáng)弱取決于環(huán)境的物理?xiàng)l件（溫度、流量、流速、風(fēng)速、降水等）和污染物本身的物理性質(zhì)（比重、形態(tài)、粒度等）。化學(xué)凈化包括氧化還原、化合分解、吸附及中和等。環(huán)境的化學(xué)條件（酸堿度、氧化還原電勢(shì)、溫度、化學(xué)組分等）和污染物本身的化學(xué)性質(zhì)對(duì)化學(xué)凈化也有很大影響。生物凈化包括生物吸收、分解、降解和轉(zhuǎn)化等，如植物可吸收土壤中的酚、氰并在體內(nèi)轉(zhuǎn)化為酚糖苷、氰糖苷；鳳眼蓮可吸收水體中的汞、鎘、砷等污染物，其根系微生物可降解轉(zhuǎn)化污水中的有機(jī)物；球衣菌可分解酚、氰為二氧化碳和水；一般需氧微生物能把污水中的有機(jī)物分解成二氧化碳、水、氨氮、磷等，而厭氧微生物則可把有機(jī)物分解為甲烷、硫化氫、硫醇、氨、二氧化碳等。通過(guò)生物吸收、分解和轉(zhuǎn)化使污染物（有機(jī)物）無(wú)機(jī)化的過(guò)程是生物凈化的主要途徑。此外尚有使有機(jī)物腐殖化（經(jīng)土壤微生物的分解、合成成為腐殖質(zhì)，此時(shí)病原微生物及寄生蟲卵均已死灰）等。

環(huán)境自凈有一定限度，超過(guò)限度或條件的改變都會(huì)止中止自凈甚或增加污染物的毒性。如大氣污染物可通過(guò)擴(kuò)散、稀釋達(dá)到凈化，而當(dāng)逆溫（inversion）（一般大氣溫度隨高度遞減，當(dāng)在某一高度上溫度隨高度反而出現(xiàn)增加或不變時(shí)，這個(gè)現(xiàn)象稱逆溫）形成時(shí)，即阻礙空氣的對(duì)流和湍流，低層的氣體污染物、氣溶粒子等均難以向上擴(kuò)散，導(dǎo)致大氣污染物聚集在逆溫層下，損害人體健康，嚴(yán)重時(shí)可增加阻塞性肺部疾患的死亡率。吸附和沉降對(duì)大氣及水體污染物只能是暫時(shí)性的清除，在增大大氣風(fēng)速及水體流速情況下，仍可使污染物泛起，使吸附物質(zhì)返環(huán)境造成再次污染。寄生蟲污染水體后，一般可沉降到水底并逐漸死亡，而血吸蟲、肺吸蟲及姜片蟲蟲卵仍可在水體中繼續(xù)孵化。一般情況下，通過(guò)微生物分解轉(zhuǎn)化作用可使污染物質(zhì)毒性降低，但也使污染物質(zhì)毒性增加的，如無(wú)機(jī)汞在水體中經(jīng)生物甲基化作用可轉(zhuǎn)化成毒性更強(qiáng)的甲基汞。