氫鍵可分為分子間氫鍵與分子內氫鍵兩大類。一個分子的X—H鍵與另一個分子的Y相結合而成的氫鍵，稱為分子間氫鍵。例如，水、甲酸、乙酸等締合體就是通過分子間氫鍵而形成的。除了這種同類分子間的氫鍵外，不同分子間也可形成氫鍵。

　　根據(jù)紅外光譜的研究結果，表明分子間氫鍵一般是成直線型（其理由見前面氫鍵的方向性的論述）[醫(yī).學教.育網搜.集整.理]。由于這樣，水結成冰其晶體為四面體構型。即每一個水分子，位于四面體中心，在它周圍有四個水分子，分別以氫鍵和它相連。

　　在某些分子里，如鄰位硝基苯酚中的羥基O—H也可與硝基的氧原子生成氫鍵。

　　這種一個分子的X—H鍵與它內部的Y相結合而成的氫鍵稱為分子內氫鍵。

　　紅外吸收光譜表明，由于受環(huán)狀結構中其他原子的鍵角限制，分子內氫鍵X—H…Y不能在同一直線上（一般鍵角約為150°左右）。分子內氫鍵的形成會使分子鉗環(huán)化。