MIP制備原理將印跡分子（模板分子）與合適的功能單體混合，并使用交聯(lián)劑將其聚合，在印跡分子周圍形成交聯(lián)度很高的三維交聯(lián)的高分子聚合物網(wǎng)絡(luò)；而后再用適當(dāng)?shù)姆椒▽⒂≯E的分子去除，最終得到的聚合物即為分子印跡聚合物。根據(jù)印跡分子與功能單體的結(jié)合方式可以將MIP分為兩種基本類型：共價(jià)型和非共價(jià)型，前者是指單體與印跡分子間在交聯(lián)聚合前先通過硼酸酯、Schiff堿、酯、縮醛以及縮酮等方式形成牢固的共價(jià)鍵；而在非共價(jià)印跡方式中，單體與印跡分子之間是以離子鍵、氫鍵、范德華力及疏水作用等非共價(jià)形式形成弱相互作用；后者與前者相比：由于單體與印跡分子之間形成的是一種多點(diǎn)協(xié)調(diào)、強(qiáng)度較弱的相互作用，因此它具有結(jié)合容易、解離容易、可逆性好、達(dá)到平衡快的優(yōu)點(diǎn)。

　　　　MIP組成功能單體分子印跡中功能單體應(yīng)能和印跡分子特異性結(jié)合，較為常用的為甲基丙烯酸和丙烯酰胺。前者的羧基可以以離子鍵方式與胺發(fā)生作用，也可以以氫鍵方式與酰胺、羧基發(fā)生作用。后者是色譜和電泳中常用的惰性凝膠單體，適于蛋白質(zhì)的分離純化。它的酰胺功能團(tuán)即使在極性溶劑中也可以形成較強(qiáng)的氫鍵，酰胺基在水溶液中不會(huì)離子化，以蛋白質(zhì)為印跡分子時(shí)，蛋白質(zhì)中的肽鍵可以和酰胺形成較強(qiáng)的作用力。一些天然的多糖物質(zhì)如殼聚糖也被用作蛋白質(zhì)印跡的功能單體，制成的血紅蛋白印跡聚合物具有特異性地識(shí)別能力。用多種單體來印跡蛋白質(zhì)可能是一種很有前景的方法，聚合物可以增加識(shí)別作用力的種類，從而可以提高對印跡分子的選擇性. 交聯(lián)劑交聯(lián)劑的作用是原位固定化功能單體，使聚合物形成一定的空間網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)。模板分子去除后，聚合物仍保留與模板分子互補(bǔ)的三維孔穴，為了保證聚合物的剛性和柔性，針對不同的交聯(lián)劑其用量不同，其直接關(guān)系到最終產(chǎn)物的交聯(lián)度，對聚合物的性能有深刻的影響。常用的有雙甲基丙烯酸乙二醇酯（EGDMA）、三甲氧基丙烷三甲基丙烯酸酯（TRIM）、N，N-亞甲基雙丙烯酰胺、環(huán)氧氯丙烷等。

　　　　引發(fā)劑目前的普遍采用引發(fā)劑為偶氮二異丁腈（AIBN），加熱60℃引發(fā)聚合，對于熱不穩(wěn)定的模板分子可選擇低溫紫外光（350nm）引發(fā)聚合；在最近蛋白質(zhì)印跡研究中，多采用水溶性的過硫酸鹽-四甲基亞乙二胺（TEMED）或亞硫酸氫鈉的氧化-還原體系。另外，電聚合方式在電極原位聚合中以其獨(dú)特優(yōu)勢而備受關(guān)注。溶劑分子印跡聚合物合成中，溶劑對模板分子與功能單體之間的作用力影響很大，直接影響到聚合物對模板分子再結(jié)合的親合性和選擇性?；疽笫侨軇δ０宸肿?、功能單體等各組分有較好的溶解性，傳統(tǒng)常用溶劑有氯仿、乙腈、甲醇與水的混合液等。同時(shí)為提高模板分子在聚合物中的傳質(zhì)速度往往在其中加入致孔劑，如甲苯、二甲苯等，以增加聚合物孔徑的大小和數(shù)量，從而提高響應(yīng)速度。但考慮到天然的生物分子相互作用：如酶與底物、抗原與抗體、給體與受體等大多是在水環(huán)境中進(jìn)行反應(yīng)的，因此最近對于生物大分子印跡聚合物的研究均致力于在水溶液中進(jìn)行。