牙菌斑細(xì)菌之間以及與宿主之間的相互作用稱(chēng)牙菌斑生態(tài)系。齦上菌斑直接暴露于口腔，易受口內(nèi)食物的機(jī)械作用及咀嚼摩擦作用的影響，還易受唾液沖洗和唾液中含SIgA、乳鐵質(zhì)、溶菌酶和過(guò)氧化酶等宿主防御成分的影響，食物的硬度也影響齦上菌斑的形成，軟的食物特別是碳水化合物有利于菌斑的堆積。

　　齦下菌斑藏匿在齦溝或牙周袋內(nèi)，其生長(zhǎng)主要受物理解剖空間的限制和宿主先天性防御系統(tǒng)的制約，比較薄。機(jī)體防御機(jī)制之所以不能限制齦下菌斑的形成和擴(kuò)展，主要原因在于齦下菌斑實(shí)際上也是一種細(xì)菌生物膜結(jié)構(gòu)，不同細(xì)菌間有共聚或黏附傾向，以生態(tài)群體方式協(xié)同地生長(zhǎng)繁殖，故能長(zhǎng)期生存，難以控制。齦下菌斑的常見(jiàn)特點(diǎn)為G-桿菌和球菌在釉質(zhì)或根面形成一條緊密的附著帶，而在鄰近袋內(nèi)壁上皮則為一條G-菌和（或）活動(dòng)菌的帶。

　　細(xì)菌培養(yǎng)、免疫學(xué)或DNA探針等研究證明齦下菌斑樣本中某些菌種經(jīng)常同時(shí)存在。1999年Socransky等觀察到齦下細(xì)菌的聚集有一定規(guī)律，按它們的聚集特性以及與牙周狀況的關(guān)系，分為6種主要微生物復(fù)合體，分別以紅、橙、黃、綠、紫、藍(lán)表示：

　　1.第一復(fù)合體（稱(chēng)紅色復(fù)合體）：為與牙周炎緊密相關(guān)的菌群，包括：福賽坦菌（原名為福賽擬桿菌），牙齦卟啉單胞菌、齒垢密螺旋體；

　　2.第二復(fù)合體（稱(chēng)橙色復(fù)合體）：為與牙周炎緊密相關(guān)的核心群，包括：具核梭桿菌的牙周亞種、中間普氏菌、變黑普氏菌和微小消化鏈球菌等；

　　3.第三復(fù)合體（稱(chēng)黃色復(fù)合體）：由血鏈球菌、口腔鏈球菌、輕鏈球菌、格登鏈球菌及中間鏈球菌等組成；

　　4.第四復(fù)合體（稱(chēng)綠色復(fù)合體）：包括：3種二氧化碳嗜纖維菌、簡(jiǎn)明彎曲菌、侵蝕艾肯菌、伴放線放線桿菌；

　　5.第五復(fù)合體（稱(chēng)紫色復(fù)合體）：由小韋榮菌和溶齒放線菌構(gòu)成；

　　6.第六復(fù)合體（稱(chēng)藍(lán)色復(fù)合體）：由放線菌構(gòu)成。