生態(tài)平衡中的正常菌群和宿主機(jī)體，只要有一方發(fā)生較大的不可逆改變，就有可能造成生態(tài)失調(diào)而導(dǎo)致疾病。其中由菌群因素引起的有菌群失調(diào)，由宿主因素引起的有免疫功能低下，兩者都和正常菌群寄居部位的改變等有關(guān)。

　　菌群失調(diào)

　　在宿主某部位寄居的正常菌群中，細(xì)菌的種類和數(shù)量比例是比較恒定的。在治療疾病過程中，醫(yī)生往往在使用抗菌藥物治療感染性疾病過程中引發(fā)了另一種新的感染病癥，其原因就是因?yàn)殚L期或大量應(yīng)用抗菌藥物后，大多數(shù)正常菌群被殺死或抑制，而原來處于劣勢的少數(shù)菌群或外來的不能被抗菌藥物殺死（耐藥菌株）的細(xì)菌便會趁機(jī)大量繁殖，使原來的菌群種類和數(shù)量比例大大改變。這種因嚴(yán)重的菌群失調(diào)導(dǎo)致的疾病稱為二重感染。引起二重感染的常見菌有金黃色葡萄球菌、白假絲酵母、艱難梭菌（Clostridium difficile）和一些革蘭氏陰性桿菌。臨床表現(xiàn)為假膜性腸炎、肺炎、鵝口瘡等。若發(fā)生二重感染，除停用原來的抗菌藥物外，對標(biāo)本中分離培養(yǎng)出來的優(yōu)勢菌要作藥敏試驗(yàn)，看看用甚么藥物能夠殺死它們，從中選用合適的。同時，也可配合使用相應(yīng)的保健食品或改善腸道正常菌群的微生物制劑，來協(xié)助調(diào)整菌群的類型和數(shù)量，加快患者康復(fù)。

　　宿主免疫功能低下

　　這種平衡失調(diào)主要是因宿主的局部或全身性免疫功能下降而引起，而正常菌群的種類和數(shù)量比例并無變化。局部免疫低下的情況并不罕見。例如拔牙或?qū)嵭斜馓趔w摘除手術(shù)后，寄居在口腔或鼻咽部的甲型鏈球菌可經(jīng)手術(shù)傷口進(jìn)入血流，如果病人有先天性心臟缺損，便往往會引起細(xì)菌性心內(nèi)膜炎。在自身免疫病、器管移植、腫瘤等患者的治療過程中，常需使用大劑量的皮質(zhì)激素、抗腫瘤藥物或放射治療等，這些醫(yī)療措施會造成機(jī)體全身性免疫功能降低，從而使一些正常菌群進(jìn)入血液，它們此時可以穿越原來把它們阻檔在外面的粘膜屏障，造成敗血癥甚至死亡。

　　寄居部位改變

　　正常菌群如果從原來寄居部位轉(zhuǎn)移到宿主的其它部位，就有可能引起疾病。原因是菌群進(jìn)入宿主新部位，不象原寄居部位的組織細(xì)胞對這些菌已經(jīng)適應(yīng)，能夠和平相處、平安無事。例如腸道中的大腸埃希氏菌若進(jìn)入泌尿道，可引起腎盂腎炎、膀胱炎等；若因外傷或手術(shù)傷口進(jìn)入腹腔、血流，可導(dǎo)致腹膜炎、敗血癥等醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　許多人都有所謂“水土不服”的經(jīng)驗(yàn)，新到一個地方品嘗美味佳肴后大倒胃口，發(fā)生腹瀉。產(chǎn)生這種疾病多半是由于患者到達(dá)這個新地方后，由于最初幾天飲食不慎，通過飲水或其它途徑使患者腸道內(nèi)增加了某些新的微生物，它們與原來居住在患者腸道內(nèi)的微生物的協(xié)調(diào)關(guān)系沒有建立起來，某些可能致病的細(xì)菌大量繁殖，因而引發(fā)類似痢疾的癥狀。雖然可能發(fā)生傷寒和副傷寒，但大多數(shù)這類水土不服患者并不是由惡性致病菌造成的，而是那些在當(dāng)?shù)責(zé)o害的普通細(xì)菌寄生在那些沒有免疫力的新居民身上造成的。對于水土不服，其實(shí)并沒有什么辦法能夠避免接觸這些微生物，所要做的僅僅是盡量少接觸它們，避免非微生物引發(fā)的腸道功能紊亂，在沒有什么痛苦的情況下建立常規(guī)防御系統(tǒng)。具體措施就是，在初到一個地方的頭幾天不要飲食過量，少喝些當(dāng)?shù)氐乃x擇新鮮烹調(diào)的菜肴，水果要洗凈等。如果能這樣做，幾天以后，這些旅游者便可以津津有味地大嚼當(dāng)?shù)氐拿朗?，而不必?fù)?dān)心腸胃不適了。