一、本病需與縱隔腫瘤、心絞痛、食管神經(jīng)官能癥及食管癌、賁門癌等進行鑒別：

　　縱隔腫瘤在鑒別診斷上并無困難。心絞痛多由勞累誘發(fā)，而本病則為吞咽所誘發(fā)，并有咽下困難，此點可資鑒別。食管神經(jīng)官能癥（如癔球癥）大多表現(xiàn)為咽至食管部位有異物阻塞感，但進食并無梗噎癥狀。食管良性狹窄和由胃、膽囊病變所致的反射性食管痙攣。食管僅有輕度擴張。本病與食管癌、賁門癌的鑒別診斷最為重要。癌性食管狹窄的X線特征為局部粘膜破壞和紊亂；狹窄處呈中度擴張，而本病則常致極度擴張。

　　賁門失弛緩癥的X線診斷一般并不困難，典型的X線表現(xiàn)為食管下端呈鳥嘴狀狹窄。但賁門癌特別是縮窄型型癌亦可使食管下端呈鳥嘴狀狹窄，鋇劑通過困難，醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理與賁門失弛緩癥難以鑒別。值得注意的是，賁門失弛緩癥可以并發(fā)食管癌或賁門癌，發(fā)生率為31.5%.原因可能為食管黏膜長期受到潴留物刺激，發(fā)生潰瘍，黏膜上皮增生惡變等。故對于高齡，病程較短，癥狀不典型的病例，診斷賁門失弛緩癥需慎重，對于已確診多年的賁門失弛緩癥患者也應(yīng)警惕癌變的可能。

　　二、本病還需區(qū)分原發(fā)性與繼發(fā)性的賁門失弛緩癥

　　賁門失弛緩癥有原發(fā)和繼發(fā)之分，后者也稱為假性賁門失弛緩癥，指由胃癌、食管癌、肺癌、肝癌、胰腺癌、淋巴瘤等惡性腫瘤、南美錐蟲病、醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理淀粉樣變、結(jié)節(jié)病、神經(jīng)纖維瘤病、嗜酸細胞性胃腸炎、慢性特發(fā)性假性腸梗阻等所引起的類似原發(fā)性賁門失弛緩癥的食管運動異常。