在溫病治療上，趙紹琴善于運用葉天士“透熱轉氣”法救治高熱不退、昏迷等危重病證。他把透熱轉氣法廣泛地應用于溫病衛(wèi)、氣、營、血各個階段的治療，以透邪外出為指導原則，取得了很好的治療效果，大大地發(fā)展了葉天士的溫病辨治理論。如溫病氣分證，使用辛寒清氣的治法達熱外出。營分證的治療在清營養(yǎng)陰中，適當加入具有開達、宣透作用的藥物，以去其壅塞、排除障礙、宣暢氣機，使邪有出路，則入營之邪即可外透，轉出氣分而解。如濕熱入營，可用芳香化濕清熱以開郁，疏通氣機，使營熱外達。如邪入心包，輕者用菖蒲、郁金清心豁痰、開竅通閉，連翹輕清透泄、宣暢氣機，重者必用牛黃、至寶丹之類以開其閉，使營熱外透。對于瘀血阻滯氣機而熱邪入營者，則應于散血之品加入琥珀、桃仁、丹皮等，活血散瘀通絡，排除障礙，宣通氣機，導熱達外。他認為，以上宣暢氣機的治法皆屬透熱轉氣范疇。即使溫邪入了血分，仍應考慮透熱轉氣之理。

在內科臨床方面，趙紹琴以善治疑難重證而著稱。醫(yī)學教育|網搜集整理他創(chuàng)造性地把溫病衛(wèi)氣營血的理論應用到內科雜病治療中，對一些疑難病證主張從營血分進行辨證，如白血病、再生障礙性貧血、血小板減少性紫癜、病毒性心肌炎、系統性紅斑狼瘡、慢性腎小球腎炎、腎病綜合征、慢性腎功能衰竭、尿毒癥等，均取得了滿意療效。他認為，內科病癥多由邪氣阻閉氣機，人體氣血循行障礙，內郁不宣，邪氣不得泄越，蘊蓄于內引起。所以內科雜病的治療，可用解郁、疏利、宣泄等法，開散郁結，宣通其滯，調暢氣血，通達營衛(wèi)。治療時，他喜用升降散（白僵蠶、蟬蛻、廣姜黃、生大黃），寒溫并用，升降相因，宣暢三焦，條達氣血，使周身氣血流暢，火郁之邪可得宣泄疏發(fā)。根據他的經驗，治火郁證需酌加風藥，如防風、荊芥穗、蘇葉等，以風藥行氣開郁，調暢氣機，通達腠理而發(fā)其郁火。

趙紹琴一生致力于中醫(yī)教學及臨床工作，先后培養(yǎng)中醫(yī)溫病專業(yè)碩士研究生20余名，其弟子彭建中、楊連柱等已成為中醫(yī)界的后起之秀。