中醫(yī)產(chǎn)生于原始社會，春秋戰(zhàn)國中醫(yī)理論已經(jīng)基本形成，出現(xiàn)了解剖和醫(yī)學(xué)分科，已經(jīng)采用“四診”，治療法有砭石、針刺、湯藥、艾灸、導(dǎo)引、布?xì)?、祝由等。西漢時(shí)期，開始用陰陽五行解釋人體生理，出現(xiàn)了“醫(yī)工”，金針，銅鑰匙等。東漢出現(xiàn)了著名醫(yī)學(xué)家張仲景，他已經(jīng)對“八綱”（陰陽、表里、虛實(shí)、寒熱）有所認(rèn)識，總結(jié)了“八法”。華佗則以精通外科手術(shù)和麻醉名聞天下，還創(chuàng)立了健身體操“五禽戲”。唐代孫思邈總結(jié)前人的理論并總結(jié)經(jīng)驗(yàn)，收集5000多個(gè)藥方，并采用辨證治療，因醫(yī)德最高，被人尊為“藥王”。唐朝以后，中國醫(yī)學(xué)理論和著作大量外傳到高麗、日本、中亞、西亞等地。兩宋時(shí)期，宋政府設(shè)立翰林醫(yī)學(xué)院，醫(yī)學(xué)分科接近完備，并且統(tǒng)一了中國針灸由于傳抄引起的穴位紊亂，出版《圖經(jīng)》。金元以降，中醫(yī)開始沒落。明清以后，出現(xiàn)了溫病派時(shí)方派，逐步取代了經(jīng)方派中醫(yī)。在明朝后期成書的李時(shí)珍的《本草綱目》標(biāo)志著中藥藥理學(xué)沒落。同一時(shí)期，蒙醫(yī)、藏醫(yī)受到中醫(yī)的影響。在朝鮮東醫(yī)學(xué)也得到了很大的發(fā)展，例如許浚撰寫了《東醫(yī)寶鑒》。

自清朝末年，中國受西方列強(qiáng)侵略，國運(yùn)衰弱。同時(shí)現(xiàn)代醫(yī)學(xué)（西醫(yī)）大量涌入，嚴(yán)重沖擊了中醫(yī)發(fā)展。中國出現(xiàn)許多人士主張醫(yī)學(xué)現(xiàn)代化，中醫(yī)學(xué)受到巨大的挑戰(zhàn)。人們開始使用西方醫(yī)學(xué)體系的思維模式加以檢視，中醫(yī)學(xué)陷入存與廢的爭論之中。同屬中國醫(yī)學(xué)體系的日本漢方醫(yī)學(xué)、韓國的韓醫(yī)學(xué)亦是如此。2003年“非典”以來，經(jīng)方中醫(yī)開始有復(fù)蘇跡象。

在文化大革命期間，中醫(yī)作為“古為今用”的醫(yī)學(xué)實(shí)例得到中國共產(chǎn)黨政策上的支持而得以發(fā)展。現(xiàn)代，中醫(yī)在中國仍然是治療疾病的常用手段之一。

在國際上，針灸在引起醫(yī)學(xué)界極大興趣，世界衛(wèi)生組織的觀點(diǎn)認(rèn)為，針灸已被證實(shí)在減輕手術(shù)后疼痛、懷孕期反胃、化療所產(chǎn)生的反胃和嘔吐、牙齒疼痛方面是有效的且其副作用非常低，然而，對慢性疼痛，背部疼痛以及頭痛，數(shù)據(jù)顯示出模棱兩可或者爭議性。WHO認(rèn)為很多針灸和一些草藥的有效性得到了科學(xué)雙盲研究的較強(qiáng)支持，但是對于其它的傳統(tǒng)療法還需要進(jìn)行進(jìn)一步研究，而且不能忽視未經(jīng)研究的傳統(tǒng)療法存在的安全性及危險(xiǎn)性等問題。WHO在2002年5月26日發(fā)表“2002－2005年傳統(tǒng)醫(yī)藥研究全球策略”，邀請全球180余國將替代醫(yī)學(xué)納入該國的醫(yī)療政策。