菘藍(lán)根含靛藍(lán)（indigotin，indigo），靛玉紅（indirubin），蒽醌類、β-谷甾醇（β-sitosterol），γ-谷甾醇（γ-sitosterol）以及多種氨基酸：精氨酸（arginine），谷氨酸（glutamic acid），酪氨酸（tyrosine），脯氨酸（proline），纈氨酸（valine），γ-氨基丁酸（γ-aminobu-tyric acid）。還含黑芥子甙（sinigrin），靛甙（indoxyl-β- hlucoside），色胺酮rptanthrin），1-硫氰酸-2-羥基丁-3-烯（l-thiocyano-2-hydroxy-3-butene），表告伊春（epigoitrin），腺甙（adenosine），棕櫚酸（palmitic acid），蔗糖（sucrose）和含有12%氨基酸的蛋白多糖。

還含有抗革蘭氏陽(yáng)性和陰性細(xì)菌的抑菌物質(zhì)及動(dòng)力精。