雖然口腔潰瘍的確切原因尚不清楚，但大多數(shù)學者認為口腔潰瘍的發(fā)生是多種因素綜合作用的結(jié)果。免疫、遺傳和環(huán)境可能是口腔潰瘍“三聯(lián)因素”，即遺傳背景和適當口腔潰瘍示意圖的環(huán)境因素（包括精神和神經(jīng)體質(zhì)、心理行為狀態(tài)、生活、工作和社會環(huán)境等）會導致口腔潰瘍特征性疾病的異常免疫反應(yīng)。其他人也提出“二聯(lián)因素”即外源性因素（病毒和細菌）與內(nèi)源性誘導因素（激素變化、心理因素、營養(yǎng)缺乏、系統(tǒng)性疾病和免疫功能障礙）的相互作用。大多數(shù)醫(yī)生認為口腔潰瘍與以下因素有關(guān)：

1.消化系統(tǒng)疾病和功能障礙

患有系統(tǒng)性疾病的患者容易患口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統(tǒng)。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結(jié)腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關(guān)。研究表明：30％-48％；口腔潰瘍患者有腹脹、腹瀉或便秘等消化道疾病。?以上有消化道潰瘍。

2.內(nèi)分泌變化

一些女性患者經(jīng)常發(fā)生在月經(jīng)期，這可能與體內(nèi)雌激素量的下降有關(guān)。有些女性在月經(jīng)期間或月經(jīng)前后都會出現(xiàn)口腔潰瘍，藥物治療只能暫時緩解，下個月仍然出現(xiàn)口腔潰瘍，疼痛難以忍受，同時，往往伴有口干、不安、易怒、大便干燥等煩人癥狀。臨床研究發(fā)現(xiàn)，月經(jīng)期口腔潰瘍主要是由于體內(nèi)孕酮水平的增加和雌激素（孕酮等）水平的下降。

3.精神因素

有些病人在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發(fā)病，可能與植物神經(jīng)功能障礙有關(guān)。

4.遺傳因素

如果父母雙方都患有復發(fā)性口腔潰瘍，他們的孩子大約有80個—90％；如果父母之一生病，他們的孩子大約有50個—60％患病。

5.其他因素

鋅、鐵、葉酸、維生素缺乏微量元素B12.營養(yǎng)不良可以降低免疫功能，增加復發(fā)性口腔潰瘍的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的啟動因素，但相關(guān)抗體尚未在患者血清中找到，也沒有關(guān)于病毒從口腔潰瘍的損傷組織中分離出來的報道。細菌對口腔潰瘍的作用已提出多年。與口腔潰瘍密切相關(guān)的細菌包括血鏈球菌和幽門螺桿菌。超氧自由基的產(chǎn)生和清除率不平衡，血栓素B2和6酮前列腺素的比例紊亂和整體水平的下降會導致口腔潰瘍。微循環(huán)障礙導致血流緩慢，血流低，毛細血管靜脈端管徑擴張，導致局部缺血和缺氧，導致粘膜膜損傷和潰瘍形成。血清缺鋅、缺鐵、高銅等RAU它的發(fā)生有一定的相關(guān)性。據(jù)報道，戒煙也會誘發(fā)口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉(SLS)可刺激粘膜，誘發(fā)口腔潰瘍。

6.中醫(yī)病因機制

按照中醫(yī)的理論體系，口腔潰瘍有以下幾種病因：一是外感六淫，主要是燥、火兩邪，燥邪干澀，易傷津液，火為陽邪，其性炎上，津傷火灼，口瘡乃發(fā)。故口瘡多在秋季及氣候突變時容易復發(fā)。二是飲食不節(jié)，由于過食辛辣肥厚之品或偏食，致火熱內(nèi)生，循經(jīng)上攻，熏蒸口舌，并常耗傷心肺腎之陰津，致口瘡發(fā)生。三是情志過極，患者素日思慮過度，心煩不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小腸，循經(jīng)上攻于口，可致口舌生瘡；或平素多有郁怒，肝郁氣滯，肝氣不疏，郁而化火，暗耗陰血，致沖任經(jīng)脈不調(diào)，經(jīng)行之時，經(jīng)氣郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口瘡。四是素體陰虧，患者素體陰液不足，或久病陰損，虛火內(nèi)生，灼傷口舌，乃至口舌生瘡。五是勞倦內(nèi)傷，或久病傷脾，脾氣虛損，水濕不運，上漬口舌，而致口瘡；或郁久化熱，濕熱上蒸，亦可致口瘡。更有甚者，脾氣虛極，傷及脾陽，脾陽不足，寒濕生熱，上漬于口，可發(fā)口瘡。六是先天察賦不足，或久用寒涼，傷及脾腎，脾腎陽虛，陰寒內(nèi)盛，寒濕上漬口舌，寒凝血淤，久致口舌生瘡?？傊飧辛锘?，內(nèi)傷臟腑熱盛是致病主因，主病之臟在于心和脾(胃)。

7.局部營養(yǎng)輸送障礙

口腔潰瘍與炎癥有關(guān)，但不僅僅是火災(zāi)引起的。事實上，口腔粘膜的免疫功能缺失與牙齦萎縮的原因相同，是由局部營養(yǎng)缺乏引起的。局部營養(yǎng)缺乏會導致局部免疫力低下，某些會導致潰瘍的病毒長期潛伏在口腔粘膜中，但由于局部營養(yǎng)缺乏，粘膜對其失去抵抗力，導致潰瘍。