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由于胎兒鏡檢查是一種介入性、損傷性的治療技術，其應用范圍受到不同程度的限制。凡是應用B超、絨毛或羊水檢查就可診斷者不必進行胎兒鏡檢查。胎兒鏡的主要功能是可直接觀察胎兒體表、胎盤胎兒面、臍帶等，并可行采集羊水、胎兒血、取胎兒體表組織（皮膚及肌肉組織等）；近年來還適用于胎兒鏡下行胎兒宮內手術治療。

其適應證主要有以下幾方面：

1、通過直接觀察診斷有明顯外形改變的先天性胎兒畸形。例如唇裂、腭裂、多指畸形、肢指畸形綜合癥、骨軟骨發(fā)育不良、開放性神經管畸形、內臟外翻、臍膨出、腹壁裂及內臟翻出、聯(lián)體雙胎、多肢體、大片血管瘤、外生殖器畸形、等等。這些疾病均能通過胎兒鏡直接觀察診斷。

2、通過胎兒活組織檢查進行診斷的先天性疾病。

（1）胎兒皮膚活檢，主要用于診斷嚴重的遺傳學皮膚病，如大泡性皮膚松解癥、魚鱗樣紅皮病、斑狀鱗癬或片狀鱗癬等。

（2）對有胎兒肝臟疾病或與胎兒肝酶代謝有關的疾病者，行胎兒肝臟組織活檢。

（3）胎兒肌肉組織活檢，如胎兒假性肥大性肌營養(yǎng)不良癥、進行性脊椎肌萎縮等等。

3.、取胎兒血液進行診斷的疾病?？稍\斷地中海貧血、鐮刀型貧血等血紅蛋白疾病，血友病、慢性肉芽腫病、半乳糖血癥、粘多糖累積癥、母兒血型不合、遺傳學免疫缺陷病、胎兒宮內病毒感染等。

4.進行胎兒宮內治療通過胎兒鏡可以對嚴重胎兒溶血性貧血者行宮內輸血。對于多胎妊娠，其中一胎畸形者，可經畸形胎兒心臟穿刺，空氣栓塞法處死；或對于雙胎輸血綜合癥者處死一胎，保留一胎；對腦積水者放置引流管，降低顱內壓，防治腦組織受壓造成進一步損傷萎縮；對泌尿道梗阻者也可放置引流管，減輕腎臟的壓迫萎縮。

5.基因和細胞治療近年來，基因治療和細胞治療的發(fā)展十分迅速。在胚胎發(fā)育早期，胎兒的免疫系統(tǒng)尚未完全建立，胎兒鏡可以輸送基因或細胞進入胎兒的體內，達到治療的目的。目前有關基因治療的方法尚在研究之中，可以輸入胎兒體內的細胞僅為骨髓細胞，該領域的研究尚在進行之中。