（1）腸道內感染：可由病毒、細菌、真菌、寄生蟲引起，以前兩者多見，尤其是病毒。

①病毒感染

寒冷季節(jié)的嬰幼兒腹瀉80%由病毒感染引起。病毒性腸炎主要病原為輪狀病毒（RV），屬于呼腸病毒科RV屬；其次有星狀病毒、杯狀病毒科的諾如病毒；腸道病毒包括柯薩奇病毒、埃可病毒、腸道腺病毒等；冠狀病毒科的環(huán)曲病毒等。

A、輪狀病毒：是秋冬季嬰幼兒腹瀉病的主要病原，流行廣泛，呈全世界性分布。

B、諾如病毒：偶可引起地方性暴發(fā)流行，多為成人及年長兒發(fā)病。

C、腸腺病毒：其胃腸型（血清型）40或41型是引起嬰幼兒腹瀉病的常見病原，發(fā)病率僅次于輪狀病毒。

D、其他星狀病毒：杯狀病毒、埃可病毒，小圓病毒、巨細胞病毒也可引起腹瀉病。

②細菌感染（不包括法定傳染病）

A、致腹瀉大腸桿菌：根據(jù)引起腹瀉的大腸桿菌不同致病性和發(fā)病機制，已知菌株可分為5大組。

a、致病性大腸桿菌（EPEC）：為最早發(fā)現(xiàn)的致腹瀉大腸桿菌。EPEC侵入腸道后，黏附在腸黏膜上皮細胞，引起腸黏膜微絨毛破壞，皺襞萎縮變平，黏膜充血、水腫而致腹瀉，可累及全腸道。

b、產(chǎn)毒性大腸桿菌（ETEC）：可黏附在小腸上皮刷狀緣，在細胞外繁殖，產(chǎn)生不耐熱腸毒素（LT）和耐熱腸毒素（ST）而引起腹瀉。

c、侵襲性大腸桿菌（EIEC）：可直接侵入腸黏膜引起炎癥反應，也可黏附和侵入結腸黏膜，導致腸上皮細胞炎癥和壞死，引起痢疾樣腹瀉。該菌與志賀菌相似，兩者O抗原有交叉反應。

d、出血性大腸桿菌（EGEC）：黏附于結腸產(chǎn)生與志賀桿菌相似的腸毒素（vero毒素），引起腸黏膜壞死和腸液分泌，致出血性腸炎。

e、黏附集聚性大腸桿菌（EAEC）：以集聚方式黏附于下段小腸和結腸黏膜致病，不產(chǎn)生腸毒素，亦不引起組織損傷。

B、空腸彎曲菌：與腸炎有關的彎曲菌有空腸型、結腸型和胎兒亞型3種，95%～99%彎曲菌腸炎是由胎兒彎曲菌空腸亞種（簡稱空腸彎曲菌）所引起。致病菌直接侵入空腸、回腸和結腸黏膜，引起侵襲性腹瀉。某些菌株亦能產(chǎn)生腸毒素。

C、耶爾森菌：除侵襲小腸、結腸黏膜外，還可產(chǎn)生腸毒素，引起侵襲性和分泌性腹瀉。

D、其他：沙門菌（主要為鼠傷寒和其他非傷寒、副傷寒沙門菌）、嗜水氣單胞菌、難辨梭狀芽孢桿菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、變形桿菌等均可引起腹瀉。

③真菌

致腹瀉的真菌有念珠菌、曲菌、毛霉菌，嬰兒以白色念珠菌性腸炎多見。在機體抵抗力低下、正常菌群紊亂時可引起腹瀉病。

④寄生蟲

常見為藍氏賈第鞭毛蟲、阿米巴原蟲和隱孢子蟲等。

（2）腸道外感染：有時亦可產(chǎn)生腹瀉癥狀，如患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、泌尿系感染、皮膚感染或急性傳染病時，可由于發(fā)熱、感染原釋放的毒素、抗生素治療、直腸局部激惹（如膀胱炎、闌尾周圍膿腫等）作用而并發(fā)腹瀉。有時病原體（主要是病毒）可同時感染腸道。

（3）使用抗生素引起的腹瀉：除了一些抗生素可降低碳水化合物的轉運和乳糖酶水平之外，腸道外感染時長期、大量地使用廣譜抗生素可引起腸道菌群紊亂，腸道正常菌群減少，耐藥性金黃色葡萄球菌、變形杄菌、銅綠假單胞菌、艱難梭菌或白色念珠菌等可大量繁殖，引起藥物較難控制的腸炎，排除其他（病程中發(fā)生的病毒或者細菌感染，應用瀉劑等）誘發(fā)因素，稱之為抗生素相關性腹瀉（AAD），通常發(fā)生在抗生素治療2～6周時。