本病的病原體稱為人類免疫缺陷病毒（HIV），為一種逆轉(zhuǎn)錄病毒（retrovirus）。最初曾分別命名為人類嗜T類淋巴細(xì)胞病毒Ⅲ型（human T lymphotropic virus Ⅲ，HTLV-Ⅲ）和淋巴結(jié)病相關(guān)病毒（lymphadenopathy associatedvirus，LAV），后來的研究證實二者系同一種病毒，故1986年世界衛(wèi)生組織統(tǒng)一命名為HIV.近年從西非艾滋病患者分離出另一種類似病毒，稱為HIVⅡ型（HIV2），而將原病毒稱為HIVⅠ型（HIV1）。HIV2與HIV1的結(jié)構(gòu)蛋白有差異，尤其膜蛋白差異較大。HIV2不同株別亦有差異存在。

HIV屬于慢病毒（lentivirus）屬，呈圓形或橢圓形，直徑約90～140nm，為單股RNA病毒，外有類脂包膜，核為中央位，圓柱狀，含Mg＋＋依賴性逆轉(zhuǎn)錄酶。病毒結(jié)構(gòu)蛋白包括核心蛋白P24和P15、外膜蛋白GP120和運轉(zhuǎn)蛋白GP41、逆轉(zhuǎn)錄酶蛋白P55等。

HIV可感染猩猩和恒河猴，亦可在體外淋巴細(xì)胞中培養(yǎng)增殖。病毒外膜蛋白GP120可與輔助性T細(xì)胞（TH）膜上的CD4抗原結(jié)合，進入細(xì)胞內(nèi)。先以單股RNA為模板，逆轉(zhuǎn)錄為雙股DNA，經(jīng)環(huán)化后，在細(xì)胞分裂時整合于宿主細(xì)胞DNA，稱為前病毒DNA（proviral DNA）。宿主細(xì)胞被刺激活化時，再轉(zhuǎn)錄為病毒RNA，并合成病毒蛋白，以發(fā)芽方式由細(xì)胞釋出。