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腸內感染患者的診斷關鍵依靠糞便中找到卵囊。糞便(水樣或糊狀便為好)直接涂片染色，檢出卵囊即可確診。腸外感染的診斷通常需要活檢，但膽汁、痰液及支氣管灌洗液染色也有一定的幫助。急性患者類便中卵囊數(shù)量多，易檢出慢性患者及隱性感染者，其糞便標本可先采用濃集技術處理，然后再染色鏡檢，以提高檢出率。常用的檢查方法有金胺酚染色法、改良抗酸染色法及金胺-酚改良抗酸聯(lián)合染色法。此外，采用PCR和DNA探針技術檢測隱孢子蟲特異DNA的基因檢測，具有特異性強.敏感性高的特點檢測的底限可降至單個卵囊。

隱孢子蟲病的免疫學診斷近年發(fā)展較快，具有彌補糞檢不足的優(yōu)點，可提高檢出率。糞便標本的免疫診斷法采用ELISA技術檢測糞便中的卵囊抗原，具有特異性高、敏感性好的優(yōu)點，適用于對輕度感染者的診斷和流行病學調查。此外，血清標本的免疫診斷尚可檢測隱孢子蟲特異性抗體。在癥狀發(fā)作的2周內，大多數(shù)患者的血清中IgM或IgG滴度升高，一般可持續(xù)很長時間，流行區(qū)患者IgM持續(xù)升高提示反復暴露。

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