復旦大學藥學院（原上海醫(yī)科大學藥學院）創(chuàng)建于1936年，是我國辦學歷史悠久和最具影響力的高等藥學院校之一。學院創(chuàng)立初期稱為國立上海醫(yī)學院藥學專修科，繼后分別更名為國立上海醫(yī)學院藥科、國立上海醫(yī)學院藥學院、上海第一醫(yī)學院藥學系、上海醫(yī)科大學藥學院。2000年4月，原上海醫(yī)科大學與原復旦大學合并，定名為復旦大學藥學院。目前藥學院是全國高等醫(yī)學教育學會藥學教育研究分會副理事長單位。

藥學院為藥學一級學科博士學位授予權(quán)單位，建有藥學一級學科博士后流動站。藥學院學科齊全、師資力量雄厚，擁有二級學科博士點5個（藥物化學、藥劑學、藥理學、生藥學和生物化學）、二級學科碩士點6個（藥物化學、藥劑學、藥理學、生藥學、藥物分析學和生物化學與分子生物學），并組建成：三大學科群，即藥物化學學科醫(yī)學教育|網(wǎng)搜集整理（原上海市重點學科，現(xiàn)由化學合成藥物化學、生物合成藥物化學、天然藥物化學和生藥學組成）、藥劑學學科（國家重點學科，醫(yī)學教育。網(wǎng)搜集整理現(xiàn)由藥劑學、物理化學、放射藥學、藥物分析化學和醫(yī)院藥學組成）和藥理學學科（上海市重點學科，現(xiàn)由基礎藥理學、臨床藥理學和生物化學組成）。