復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)院下設(shè)：藥學(xué)學(xué)科（一級），其包含藥物化學(xué)學(xué)科（天然藥物化學(xué)、藥物化學(xué)、生物合成藥物化學(xué)、生藥學(xué)）、藥劑學(xué)科（藥劑學(xué)、放射藥學(xué)、藥物分析、物理化學(xué)）、藥理學(xué)科（藥理學(xué)、生物化學(xué)）、臨床藥學(xué)學(xué)科（臨床藥學(xué)、藥事管理學(xué)）等4個二級學(xué)科；本科藥學(xué)實驗教學(xué)中心；儀器測試中心；動物實驗中心；《中國臨床藥學(xué)雜志》社。

復(fù)旦大學(xué)藥學(xué)學(xué)科擁有一級學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)，并設(shè)有一級學(xué)科博士后流動站；二級學(xué)科博士點5個（藥物化學(xué)、生藥學(xué)、藥劑學(xué)、藥理學(xué)、生物化學(xué)）；二級學(xué)科碩士點6個（藥物化學(xué)醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理、生藥學(xué)、藥劑學(xué)、藥理學(xué)、生物化學(xué)、藥物分析），國家重點學(xué)科（藥劑學(xué)）、上海市重點學(xué)科（藥理學(xué)）。