溫州醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院創(chuàng)辦于2001年。設(shè)有生物治療與生殖醫(yī)學(xué)二級博士點(diǎn)、藥學(xué)和中藥學(xué)一級學(xué)科碩士點(diǎn)、中藥學(xué)專業(yè)學(xué)位碩士點(diǎn)：“藥理學(xué)與生化藥學(xué)”為浙江省第二批重中之重建設(shè)學(xué)科�，F(xiàn)有2個浙江省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和2個浙江省實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心，建立了國家新藥開發(fā)工程技術(shù)研究中心制劑工程研究基地、基因工程藥物國家工程研究中心中試研究基地；具有1個國家認(rèn)證的中藥材GAP基地。

藥學(xué)院設(shè)有藥學(xué)系、中藥學(xué)系醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理、生物制藥系、臨床藥學(xué)系、實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心和執(zhí)業(yè)藥師培訓(xùn)與繼續(xù)教育中心。現(xiàn)有4個本科專業(yè)：藥學(xué)、中藥學(xué)、制藥工程、臨床藥學(xué)。目前具有在校生約1000人（不含獨(dú)立學(xué)院——溫州醫(yī)科大學(xué)仁濟(jì)學(xué)院藥學(xué)系），其中博士研究生3人，碩士研究生180余人，本科生750余人，藥學(xué)自考生50余人。學(xué)院已形成從自考、本科到碩士、博士等多層次較完善的藥學(xué)教學(xué)體系。