北京大學藥學院是全國重點藥學院（系）之一，也是國家最早建立的高等藥學院校之一，其前身是北京大學中藥研究所，始建于1941年。在此基礎上，1943年建立北京大學醫(yī)學院藥學系；1952年醫(yī)學院獨立建院，隨之改名為北京醫(yī)學院藥學系；1985年隨學校更名為北京醫(yī)科大學藥學院；2000年4月更名為北京大學藥學院。曾設本草、制藥、藥學、醫(yī)學|教育網搜集整理藥檢、藥物化學、生藥學、應用化學（醫(yī)藥）、藥理學等專業(yè)，現(xiàn)設藥學專業(yè)（六年制本碩連讀）。藥學專業(yè)于2007、2008年被批準為國家級、北京市級高等學校特色專業(yè)建設點，于2008年被批準為“國家理科基礎科學研究和教學人才培養(yǎng)基地”（簡稱理科基地）藥學專業(yè)點。北京大學藥學院是一個以培養(yǎng)研究型人才為目標的藥學院。