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北京中醫(yī)藥大學基礎醫(yī)學院是北京中醫(yī)藥大學歷史最長、規(guī)模最大的教學科研單位，其前身為北京中醫(yī)學院中醫(yī)系，創(chuàng)建于1956年。1980年經(jīng)衛(wèi)生部批準成立了中醫(yī)基礎理論研究所醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理，實行系所合一的管理體制，1985年更名為中醫(yī)基礎醫(yī)學部。1996年1月經(jīng)教育部批準正式改名為北京中醫(yī)藥大學基礎醫(yī)學院。2000年6月，原北京針灸骨傷學院與北京中醫(yī)藥大學合并，劃歸教育部管理，同時成立了新的北京中醫(yī)藥大學基礎醫(yī)學院。
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