急性血吸蟲病需注意與傷寒，阿米巴肝膿腫等鑒別，疫水接觸史，血象中嗜酸性粒細胞明顯增高具有重要鑒別意義，糞便血吸蟲病原學檢查陽性可明確本病。

慢性血吸蟲病腹瀉、便血者應注意與阿米巴痢疾，慢性菌痢鑒別，肝脾腫大型應注意與無黃疸型病毒性肝炎鑒別。醫(yī)學教育|網搜集結合糞便鏡檢，毛蚴孵化試驗，直腸粘膜活檢及免疫學檢查多可明確。

晚期血吸蟲病需注意與其他原因引起的肝硬化鑒別。本病常有慢性腹瀉、便血病史，伴巨脾，肝功能損害一般較輕，黃疸，蜘蛛痣與肝掌較少見，結合反復病原學檢查與免疫學檢查方可鑒別。