結(jié)核菌檢查是確診肺結(jié)核最特異性的方法，痰中找到結(jié)核菌是確診肺結(jié)核的主要依據(jù)。涂片抗酸染色鏡檢查快速簡便，在我國非典型分枝桿菌尚屬少見，故抗酸桿菌陽性，肺結(jié)核診斷基本即可成立。直接厚涂片陽性率優(yōu)于薄涂片，為目前普遍采用。熒光顯微鏡檢查適合于大量標(biāo)本快速檢查。無痰或兒童不會咳嗽，可采用清晨的胃洗液找結(jié)核菌，成人亦可通過纖支鏡檢查，或從其涮洗液中查找結(jié)核菌。痰菌陽性表明其病灶是開放性的，具有傳染性。若排菌量多（每毫升10萬個以上），直接涂片易呈陽性，為社會傳染源。痰菌量較少（每毫升1萬個以下），可用集菌法。

　　培養(yǎng)法更為精確，除能了解結(jié)核菌有無生長繁殖能力外，且可作藥物敏感試驗與菌型鑒定。結(jié)核菌生長緩慢，使用改良羅氏培養(yǎng)基，通常需4～8周才能報告。培養(yǎng)雖較費時，但精確可靠，特異性高，若涂片陰性或診斷有疑問時，培養(yǎng)尤其重要，培養(yǎng)菌株進一步作藥物敏感性測定，可為治療特別是復(fù)治時提供參考。

　　將標(biāo)本在體外用聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）法，使所含微量結(jié)核菌DNA得到擴增，用電泳法檢出。1個結(jié)核菌約含1fgDNA，40個結(jié)核菌即可有陽性結(jié)果。該法不必體外預(yù)培養(yǎng)，特異性強，2天即可出報告，快速、簡便，并可鑒定菌型，不足之處是可能出現(xiàn)假陽性或假陰性。