蛋白質(zhì)是病毒的另一類主要成分，包括結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白。

非結(jié)構(gòu)蛋白是指由病毒基因組編碼的，在病毒復(fù)制或基因表達(dá)調(diào)控過程中具有一定功能，但不結(jié)合于病毒顆粒中的蛋白質(zhì)。

結(jié)構(gòu)蛋白是指構(gòu)成一個形態(tài)成熟的有感染性的病毒顆粒所必需的蛋白質(zhì)，包括殼體蛋白、包膜蛋白和毒粒酶等。

殼體蛋白是構(gòu)成病毒殼體結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，由一條或多條多肽鏈折疊形成的蛋白質(zhì)亞基，是構(gòu)成殼體蛋白的最小單位。殼體蛋白的主要功能是：1）構(gòu)成病毒的殼體，保護病毒的核酸。2）無包膜病毒的殼體蛋白參與病毒的吸附、侵入，決定病毒的宿主嗜性，同時它們還是病毒的表面抗原。

包膜蛋白是構(gòu)成病毒包膜結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)，包括包膜糖蛋白和基質(zhì)蛋白兩類。主要功能是：1）是病毒的主要表面抗原，它們與細(xì)胞受體相互作用啟動病毒感染發(fā)生，有些還介導(dǎo)病毒的侵入。2）還可能具有凝集脊椎動物紅血球細(xì)胞、細(xì)胞融合以及酶等活性。3）基質(zhì)蛋白構(gòu)成膜脂雙層與核衣殼之間的亞膜結(jié)構(gòu)，具有支撐包膜、維持病毒結(jié)構(gòu)的作用，并在病毒芽出成熟過程中發(fā)揮重要作用。

毒粒酶根據(jù)功能大致分為兩類：一類參與病毒侵入、釋放等過程，如T4噬菌體的溶菌酶；一類參與病毒的大分子合成，如逆轉(zhuǎn)錄病毒的逆轉(zhuǎn)錄酶。