潛伏期10～15天。大多數(shù)患者癥狀較輕或呈無癥狀的隱性感染，僅少數(shù)出現(xiàn)中樞神經(jīng)系統(tǒng)癥狀，表現(xiàn)為高熱、意識障礙、驚厥等。典型病例的病程可分4個階段。

起病急，體溫急劇上升至39～40℃，伴頭痛、惡心和嘔吐，部分患者有嗜睡或精神倦怠，并有頸項輕度強直，病程1～3天。

體溫持續(xù)上升，可達40℃以上。初期癥狀逐漸加重，意識明顯障礙，由嗜睡、昏睡直至昏迷。昏迷越深，持續(xù)時間越長，病情越嚴(yán)重。神志不清最早可發(fā)生在病程第1～2日，但多見于3～8日。重癥患者可出現(xiàn)全身抽搐、強直性痙攣或強直性癱瘓，少數(shù)也可軟癱。嚴(yán)重患者可因腦實質(zhì)病變（尤其是腦干）、缺氧、腦水腫、腦疝、顱內(nèi)高壓、低血鈉性腦病等病變而出現(xiàn)中樞性呼吸衰竭，表現(xiàn)為呼吸節(jié)律不規(guī)則、雙吸氣、嘆息樣呼吸、呼吸暫停、潮式呼吸和下頜呼吸等，最后呼吸停止。體檢可發(fā)現(xiàn)腦膜刺激征，瞳孔對光反應(yīng)遲鈍、消失或瞳孔散大，腹壁及提睪反射消失，深反射亢進，病理性錐體束征，如巴氏征等可呈陽性。

極期過后體溫逐漸下降，精神、神經(jīng)系統(tǒng)癥狀逐日好轉(zhuǎn)。重癥患者仍神志遲鈍、癡呆、失語、吞咽困難、顏面癱瘓、四肢強直性痙攣或扭轉(zhuǎn)痙攣等，少數(shù)患者也可有軟癱。經(jīng)過積極治療大多數(shù)癥狀可在半年內(nèi)恢復(fù)。

少數(shù)重癥患者半年后仍有精神神經(jīng)癥狀，為后遺癥，主要有意識障礙、癡呆、失語及肢體癱瘓、癲癇等，如予積極治療可有不同程度的恢復(fù)。癲癇后遺癥可持續(xù)終生。